Zafer Kalkınma Ajansı, karar ve onama organı olarak görev yapan Yönetim Kurulu, danışma organı niteliğindeki Kalkınma Kurulu ve icra makamı olan Genel Sekreterlik bünyesindeki birimler ile direkt olarak Genel Sekreterliğe bağlı olarak çalışan Yatırım Destek Ofisleri aracılığı ile faaliyetlerini yürütmektedir.